המילה פנימייה הגיעה אלינו מהמילה הלועזית internat שפירושה מסגרת בי"ס שהילדים לא רק לומדים בה, אלא כוללת מגורים לאורך שנת הלימודים. במקור פנימייה הייתה בי"ס ומספר בתים סביבו שתוחמו ע"י חומה ושמשו כמגורים. בפנימייה, הסגל של המקום משמש כמשפחה. בארצות המערב פנימיות משמשות מגוון אוכלוסיות.


אולם בישראל כמו בישראל השם לקוח מהמערב, השימוש - שונה. בארץ לעיתים המושג פנימייה יוצר קונוטציה של מסגרת המשמשת אוכלוסיות בסיכון או אוכלוסיות דתיות. אבל יש הרבה שוני בין המציאות לקונוטציות. בישראל קיימות עשרות פנימיות, אחת מהמפורסמות שבהן היא פנימיית עיינות בבעלות ארגון "נעמת" השמה דגש על השגת מצוינות לימודית עם כל היתרונות החברתיים של פנימיה. חלק מהפנימיות בארץ היו ועדיין עובדות כבתי ספר חקלאיים וכפרי נוער.

בתחילת המפעל הציוני בתי ספר חקלאים הוקמו על מנת להקים דור חדש של חקלאים. הרבה יתומים הועלו לארץ ויועדו ללמוד בבית ספר חקלאי. הלימודים כללו במחציתם לימודים עיונים ובמחצית השנייה עבודה מעשית. מטרת כמה מהפנימיות היא להפגיש בין נוער מחו"ל לנוער מקומי.

כיום ישנן גם פנימיות צבאיות הפועלות בחסות צה"ל, המכשירות את חניכיהן לשירות קבע עתידי במקצועות הנלמדים, לרוב במקצועות המחשבים והאלקטרוניקה של החילות השונים. דוגמא קלאסית לכך היא המכללה הטכנולוגית של חיל האוויר  או המכללה לפיקוד. במסגרת זו החניכים לובשים מדים ומקבלים תנאים כמו חיילים בשירות סדיר, אך המסגרת היא של פנימייה, רק עם אופי צבאי יותר.